As competições de Aquathlon estão divididas em três etapas: Corrida, Natação e Corrida. As distâncias são: 2.500 metros de corrida, 1.000 metros de natação e 2.500 metros de corrida.

O Aquathlon também pode ser disputado em distâncias menores perfazendo 1.250 metros de corrida, 500 metros de natação e 1.250 metros de corrida ou, em distâncias maiores perfazendo 5.000 metros de corrida, 2.000 de natação e 5.000 de corrida.